当初は23F限定運用だったそうですが、後に103・205系と共通運用になりました。
当初は京浜東北線（浦和電車区）からの209系撤退後も、 南武線に在籍する当編成及びナハ32編成（クハ209-68以下6連）の209系2編成については継続して使用するという情報もありましたが、 結果として当編成は京浜東北線からの転用車（東急車輛製・電気式ドア）に置き換えられる形で09年9月に廃車となりました。
★編成 Tc209-13 M209-25 M'208-25 M209-26 M'208-26 T'c208-13
☆備考 全車が川崎重工製 空気式ドア 種別表示幕あり
運行番号のLED化と側面窓の改造がされた晩年の姿。（09.5 稲田堤-中野島）
最末期の一週間ほどは運行番号がマグサイン式のものに戻っていました。（09.9.6 矢野口）
（03.12 尻手）
矢向の側線でナハ22と並ぶ。前照灯が曇っています。（04.1 矢向）
この編成に限らず川崎重工製の初期車の傾向ですが、屋根の補修と外板の凸凹が目立っていました。（03.2 武蔵新城）
（03.6 宿河原-久地）